“კრისტალის” ორგანიზაციული ისტორია წარმოადგენს კლასიკურ მაგალითს იმისა, თუ როგორ შეიძლება მცირე ზომის, დონორებზე დამოკიდებული სოციალური პროგრამა რამდენიმე წელიწადში გადაიქცეს დინამიურად მზარდ, მომგებიან და პროფესიულ მიკროსაფინანსო დაწესებულებად, რომელიც მნიშვნელოვან როლს ასრულებს ქვეყნის ფინანსური სექტორის განვითარებაში.

„კრისტალის“ ორგანიზაციული განვითარება მოიცავს სამ ძირითად ეტაპს:
1) საქველმოქმედო ჰუმანიტარული ცენტრი “აფხაზეთი” (1995-2003)
2) მიკროსაფინანსო ფონდი “კრისტალი” (2004-2007)
3) სააქციო საზოგადოება მიკროსაფინანსო ორგანიზაცია „კრისტალი“ (2007 წლის აგვისტოდან დღემდე)

„კრისტალის“ ორგანიზაციული ისტორია სათავეს იღებს 1995 წლის სექტემბრიდან, როდესაც ქ. ქუთაისში აფხაზეთიდან იძულებით გადაადგილებულ პირთა მიერ დაფუძნდა დევნილთა სოციალურ-ეკონომიკურ პრობლემებზე ორიენტირებული ადგილობრივი არასამთავრობო ორგანიზაცია - საქველმოქმედო ჰუმანიტარული ცენტრი “აფხაზეთი”.

1996-1998 წლებში ცენტრი „აფხაზეთი“ წარმატებით ახორციელებდა სხვადასხვა სახის სოციალურ პროექტებს, რის შედეგადაც საერთაშორისო დონორი ორგანიზაციების მხარდაჭერით (USAID, UNHCR, SV, IRC), მიმდინარე სოციალური პროექტების პარალელურად 1998 წლის აგვისტოში ორგანიზაციამ დაიწყო საცდელი მიკრო-სესხების პროგრამის განხორციელება იმერეთისა და სამეგრელოს რეგიონებში.

აღსანიშნავია, რომ ამ ეტაპზე (1998-2003 წლები) ორგანიზაციის საქმიანობას ძირითადად სოციალური დახმარების სახე ჰქონდა, ის მთლიანად დონორთა დაფინანსებაზე იყო დამოკიდებული და ამიტომაც მისი შესაძლებლობები და მასშტაბები საკმაოდ შეზღუდული იყო

2003 წლისათვის ორგანიზაციის მიკრო-სესხების პროგრამამ უკვე განვითარების ისეთ საფეხურს მიაღწია, რომ არსებული კონკურენტული გარემოს პირობებში შეუძლებელი იყო მისი ამ ფორმით, მხოლოდ სოციალური პროექტის სახით შენარჩუნება და გრძელვადიანი, სტაბილური განვითარების უზრუნველყოფა. ამიტომაც, 2004 წლის აპრილში მიკრო-სესხების პროგრამა გამოეყო ცენტრ „აფხაზეთს“ და დარეგისტრირდა, როგორც დამოუკიდებელი სამართლებრივი სუბიექტი - მიკროსაფინანსო ფონდი „კრისტალი“.

განვითარების შემდგომ ეტაპზე (2004-2006 წლები) „კრისტალმა“ მნიშვნელოვანი ნაბიჯები გადადგა კონკურენტუნარიანი ორგანიზაციის ჩამოსაყალიბებლად;  მიღწეულ იქნა სრული ოპერაციული და ფინანსური სტაბილურობა; დაიხვეწა და გამარტივდა სესხის გაცემის პროცედურები; მოზიდულ იქნა დაფინანსების ახალი წყაროები როგორც ადგილობრივი, ასევე საერთაშორისო ფინანსური ინსტიტუტებიდან; ჩამოყალიბდა მენეჯმენტის ეფექტური სტრუქტურები; მნიშვნელოვნად გაფართოვდა სამოქმედო არეალი; დაინერგა ახალი სასესხო პროდუქტები და ა.შ.

2006-2007 წლებში საქართველოს პარლამენტის მიერ მიღებული საკანონმდებლო ცვლილებების შედეგად, 2007 წლის 23 აგვისტოს „მიკროსაფინანსო ორგანიზაციების შესახებ“ საქართველოს კანონის შესაბამისად, ფონდი „კრისტალის“ მიერ მოხდა სააქციო საზოგადოება „კრისტალის“ დაფუძნება, რომელსაც კანონის შესაბამისად გადაეცა ფონდის მთლიანი აქტივები, მათ შორის საკრედიტო პორტფელი.

2007 წლის 18 სექტემბერს სს „კრისტალი“ რეგისტრაციაში გაატარა  საქართველოს ეროვნულმა ბანკმა (#90907) და მიანიჭა მას მიკროსაფინანსო ორგანიზაციის შესაბამისი სტატუსი. აღსანიშნავია, რომ „კრისტალი“ იყო პირველი ქართული არაკომერციული მიკროსაფინანსო ორგანიზაცია, რომელმაც წარმატებით განახორციელა ზემოთაღნიშნული ტრანსფორმაციის პროცესი და ჩამოყალიბდა კომერციულ კომპანიად.